El Instituto Chacabuco cuenta con tres Gimnasios para el desarrollo de un sinnúmero de actividades deportivas, además de la realización de encuentros culturales y pastorales. El Gimnasio Nº1 fue entregado a la comunidad educativa el año 1971 siendo su director el Hno. Carlos Hidalgo Peña, quien asumió su labor en 1969, aunque la construcción comenzó años antes bajo la a gestión del Hno. Baudilio.

Cuenta con 936 metros cuadrados y una capacidad para 500 personas, en este lugar se realizan las actividades más importantes del itinerario colegial, no solo las que dicen relación con el deporte.

El Gimnasio Nº 2 se encuentra en el segundo piso de la sección Media Inicial y cuenta con 486 metros cuadrados, mientras que el Gimnasio Nº3 se emplaza en el segundo piso de la Sección Básica y está disponible principalmente para el uso de los alumnos y alumnas de esta sección. Cuenta con un espacio de 86, 24 metros cuadrados.